La vegetación natural ha sido modificada por el uso (desmonte, extracción forestal y pastoreo) pero es el rasgo fisiográfico predominante en el paisaje, ya que cubre más del 70% de la superficie. El bosque serrano también fue explotado, básicamente para combustible de hornos de cal, pero se conserva en partes debido al relieve accidentado que lo hace inaccesible. Aproximadamente el 20% de la vegetación del área de llanura y piedemonte ha sido desmontada para agricultura y el área efectiva de riego (unas 20.000 has.) representa el 20% del área regada total de la provincia.
Existen áreas declaradas bosques protectores o permanentes en términos de la Ley Forestal, que comprenden los faldeos serranos de la cuenca del Río Soto; estas disposiciones tienden a compatibilizar el aprovechamiento forestal y ganadero con la protección del ambiente, prevención de erosión, etc. No hay, en cambio, un marco legal equivalente para el aprovechamiento racional de las áreas de pastizales, afectadas por erosión severa.
La vegetación del Departamento de Cruz del Eje se puede clasificar en tres regiones:

Vegetación de la Llanura:

Se destaca el Bosque Chaqueño, apareciendo especies como: el Algarrobo, el Retamo, Talas, Mistol, y la Brea. También es notable la presencia de Jarilla que rodea los ambientes salinos.

Algarrobo

Vegetación de los Salinos:

Esta vegetación esta adaptada para sobrevivir a condiciones severas. Los Jumes, Mastuerzos, Pela-suri, etc. son representantes típicos de estos ambientes.

Vegetación de la Sierra:

El Bosque Serrano a aparecer desde los 500 a los 1500 mts. s.n.m. Su representante arbóreo más conocido es el Molle, acompañado por el Coco. Otro árbol de ambiente más seco es el Orco Quebracho o Quebracho Serrano. Otras especies arbóreas son el Mato, y el Molle Blanco de las Sierras del Norte. De menor porte son: El Manzano del Campo, Piquillín de las Sierras, Chilcas, Chaguares, Trepadoras y Epífitas.
Las Palmeras de la Palma Caranday se encuentran en la región de la Pampa de Pocho. El piso vegetal serrano aparece desde los 1300 a 1700 mts. s.n.m., cuyo representante típico es el Romerillo y algunos espinillos.
En las quebradas y faldeos se encuentran Tabaquillos, gran variedad de Helechos y Musgos, sobre todo en las quebradas húmedas de las sierras.
Los pastizales y bosquecillos de alturas aparecen desde los 1.700 a los 2.400 mts. s.n.m. Se divide en dos: el Inferior hasta los 1900 mts. con características de Estepa Serrana y el Superior con la presencia del Tabaquillo y del Orco Molle. El césped hierba de la oveja es característica de los 2400 mts. s.n.m.

Piquillin

Fauna:

La ganadería es actualmente la actividad predominante en términos de ocupación del suelo y se asienta en las áreas del pastizal de altura, bosque serrano y bosque de llanura. Estos últimos han sido desvastados por la tala para extracción de madera y leña, y son frecuentes las áreas donde no se han respetado los diámetros mínimos exigidos por la Ley Forestal. En gran parte del área la vegetación actual es un arbustal cerrado que dificulta el paso del ganado e inhibe el crecimiento del pastizal. La fauna nativa está siendo sometida a una intensa presión de uso; guanacos, corzuelas, pecaríes de collar, zorros, pumas, lampalaguas, iguanas y suris son muy perseguidos como trofeos o por el valor de sus pieles, pese a las disposiciones legales en la materia.
Las especies animales más comunes en la región son:

Mamíferos:

Generalmente existe una marcada relación entre la Fauna y la vegetación, siendo ésta usada como zona de distribución de la fauna. Los distintos tipos de vegetación son los que generan el hábitat que los animales ocupan. Las especies varían de acuerdo a la fisonomía de la vegetación. Comadreja Overa, Quirquincho chico o Pichi llorón, Mataco o Quirquincho bola, Zorro Colorado, Zorro Gris, Zorrino, Gato montés, Puma, Chancho del monte autóctono, Corzuela o Cabra del monte, Vizcacha, Iguanas, Hurones, Huanaco, Cuises, Conejo de los palos, Mara o liebre salinera, Murciélago, Hurón, Pecarí de Collar, etc.

Puma	Comadreja

Zorro

Reptiles:

Existe también numerosa variedad de reptiles como: Falsa Yarará o sapera, Falsa Coral, Yarará ñata, de la Cruz, Cascabel, Lampalagua o Boa de las vizcacheras, Chelco chico y Chelco verde, Tortugas, Lagarto Verde, Lagartija, Iguana Overa y Colorada, Serpiente Coral, etc.

Cascabel	Falsa Coral

Iguana

Peces:

Pejerrey o Matungo, Viejas del Agua, Truchas, Dientudo, Carpas, Anguila, Mojarra, Madre del Agua, Palometas, en la actualidad se realizó la siembra de Bagres, Dorados, etc.

Pejerrey

Aves:

En esta región habitan una gran variedad de aves como: Reina Mora, Martín Pescador, Jilgueros, Rey del Bosque, Cardenal Amarillo y Copete Rojo, Zorzal, Perdices, Torcazas, Gorriones, Picaflores, Nandú, Martineta Copetona, Biguá, Garza Mora y Blanca, Jote, Águila, Chimango, Carancho, Tero, Catitas, Carpintero Campestre, Hurraca, etc.

Martín Pescador	Garza

Anfibios:

En los anfibios encontramos: Sapo Común, Enano o de panza colorada, Escuerzo Común, Rana Criolla, Ranita Verde, etc.